В письме от 19.08.15 № 03-07-11/47815 Минфин напомнил, что при реализации товаров (работ, услуг) налоговая база по НДС определяется как стоимость этих товаров (работ, услуг), исчисленная исходя из цен, определяемых в соответствии со статьей 105.3 НК, и без включения в них налога. Согласно пункту 1 статьи 105.3 НК цены, применяемые в сделках, сторонами которых являются лица, не признаваемые взаимозависимыми, признаются рыночными.
Таким образом, налоговая база по НДС при оказании услуг по перевозке грузов, цена которых формируется с учетом стоимости специального разрешения на право проезда по платным автомобильным дорогам, определяется как договорная цена этих услуг.