Базу по НДС необходимо определять в конкретный день их оплаты или сдачи работы, так высказались суды и Минфин. Все зависит, от того какое действие выполнено раньше, такое решение и будет вынесено в итоге. База устанавливается на момент исполнения заказа, так и в день выполнения работы, только в том случае, если заказчиком была внесена предоплата.
Таким образом если предоплата не была внесена вовремя и не по договоренности, базу по НДС нужно определять на тот день когда работа была выполнена. Если стороны договорились и подписали документ, то этот день определяется по акту сдачи-приемки работ. Установить дату, на которую налоговая база начисляет НДС невозможно, без подписи заказчика и внесение денежных средств за работу. После подрядчику нужно доказать в суде, что договор исполнен. День выполнения работ, будет считаться днем вступления в силу решения суда. Соответственно, налоговую базу по НДС нужно определять на этот момент.
Документ: Письмо Минфина России от 13.10.2016 N 03-07-11/59833